19. yüzyılın son çeyreğinde tüm alanlarda olduğu gibi eğitim ve öğretim alanında da çağın gerektirdiği yenilikçi yapılanmaları gerçekleştirme çabalarını sürdüren Osmanlı Devleti Maarif Nezareti tarafından yapılan araştırma ve incelemeler sonunda “Sultânî” adı altında, mevcut kurumlardan farklı statü ve yapıda eğitim kurumlarının oluşturulmasını planlı olarak uygulamaya koymuş, 1908 yılından sonra sultânîlerin her ilde bir tane olmak üzere yaygınlaştırılması çalışmasını başlatmıştır. Bu anlamda Samsun’da sultânînin inşasına 1908’de başlanmış olup, 1912 yılında Samsun’un merkezinde, bugün Gazi I. Eğitim Bölgesi’nde okullar yerleşkesi olarak bilinen alanda inşaatı tamamlanmış ve “Samsun Sultânîsi” adıyla eğitim ve öğretim hizmeti vermeye başlamıştır. 1912-1913 yılında Ticaret İdâdîsi de, bu binada eğitim öğretime başlamış, 1913- 1914 yılları arasında öğretime devam etmiştir.

1914 yılında I. Dünya Savaşı’nın başlamasıyla, savaş yıllarında bir müddet askeri hastane olan okul Frerler Mektebi (günümüzde Astsubay Orduevi) binasına nakledilmiştir. Askeri hastane olarak kullanılan bina 14 Mart 1919 tarihinde İşgal Kuvvetleri Karargahı olarak kullanılmıştır.

Savaşın ardından, 1923 yılından itibaren bina savaş nedeniyle yetim kalan şehit çocuklarının barındığı Yetimler Yurduna (Dar’ül Eytam) dönüştürülmüştür.

Türkiye Cumhuriyeti Devleti’nin kurulmasından sonra da bu hizmetini, eğitim ve öğretim çalışmalarıyla birlikte yürüten okul, 24 Eylül 1924 tarihinde Atatürk tarafından ziyaret edilmiş olup çalışmaları yerinde izlenmiştir.

1926-1927 öğretim yılında okul, Dar’ül Eytam’ın Amasya’ya nakli dolayısıyla boşaltılan binaya yerleştirilmiştir. İki katlı olan okul binasının alt katı Ticaret Mektebi, üst katı ise ortaokul olarak hizmet vermiştir.

1927 yılından itibaren pansiyonlu olarak eğitim ve öğretimine devam eden okulun yatılı bölüm ve tesisatı 1938’de kaldırılmış, binanın tüm odaları sınıf olarak kullanılmıştır.

26 Kasım 1930’da okul ilk Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal ATATÜRK tarafından ikinci kez ziyaret edilmiştir. Atatürk bu ziyaretleri sırasında bir tarih dersine katılarak öğrencilerle sohbet etmiş ve tarih dersi vermiştir. Bugün herkesçe bilinen “Öğretmenler, Cumhuriyeti biz kurduk, onu yükseltecek ve yaşatacak olan sizlersiniz. Cumhuriyet sizden fikri hür, vicdanı hür, irfanı hür yüksek seciyeli nesiller ister. Hayatta en hakiki mürşit ilimdir, fendir...” özdeyişini bu ziyarette dile getirmiştir.

Samsun Lisesinin 1952 tarihinde Ondokuzmayıs Lisesi olarak ismi değiştirilmiş, 1967 yılında öğrenci sayısının fiziki kapasiteyi aşmış olmasından dolayı okulun lise kısmı aynı bölgede inşa edilen şimdiki binasına taşınmış ve orta kısmı “Atatürk Ortaokulu” adıyla öğretime devam etmiştir.

1992 yılında MLO statüsü kazanan okul, başarılı çalışmaları ve gösterdiği yüksek performanstan dolayı 1993 yılında yabancı dil ağırlıklı eğitim veren lise statüsüne geçmiştir.

1998 yılından sonra da Anadolu Lisesi statüsüne getirilmiş ve Samsun Atatürk Anadolu Lisesi adını almıştır. Millî Mücadele meşalesinin yakılıp ilk adımın atıldığı Samsun ilinin en başarılı eğitim kurumlarından biri olarak eğitim ve öğretim faaliyetlerini büyük bir özveriyle sürdürmektedir.