Kütahya’nın ilk lisesi olan okulun yapımına, 1884 yılında Mutasarrıf Tevfik Paşa zamanında başlanmıştır. 1886 yılında Hacı Yusuf Bey başkanlığında kurulan bir komisyon, hükümetten aldığı bin lira ve halkın katkıları ile okulun yapım işlerini sürdürmüştür. Üç yıl sonra Mutasarrıf Haşim Paşa’nın gayretiyle tamamlanan”Taş Mektep” 12 Ocak 1890 yılında Liva İdâdîsi olarak hizmete açılmıştır.  İlk müdürü Enver Bey’dir. 1916-1917 yıllarında Ziraat İdâdîsi adıyla hizmet veren Kütahya Lisesinin son sınıfları, ziraat ve umumi idâdî şeklinde iki şube halinde öğretime devam etmiştir. Daha sonra yatılı teşkilatına kavuşmuştur. Savaş yıllarında öğrenime ara veren okuldan I. Dünya Savaşı sırasında yapı olarak yararlanılmış, İstiklal Savaşı’nda Alay Komutanlığı ve Askeri Hastane olarak kullanılmıştır.

1922-1923 yılında tekrar sultânî (lise) olarak eğitim ve öğretime devam etmiştir. Cumhuriyetin ilanından sonra, Mustafa Kemal ATATÜRK, şehre üçüncü kez geliş tarihi olan 24 Mart 1923’te okulu ziyaret etmiş ve Kütahya Lisesi’nin öğretmen ve öğrencileri ile öğretmenler odasında sohbet ederek, ”Öğretmenlere Hitabı”nı burada dile getirmiştir. Okulun yüzüncü kuruluş yıldönümünde, Atatürk’ün çay sohbetinde bulunduğu öğretmenler odası eğitim müzesi haline getirilmiştir. 1923-1924 eğitim ve öğretim yılında iptidai (İlkokul) kısmı kaldırılarak üç sınıflı hale getirilen okul, 1933 yılında liseye dönüştürülmüş ve üç ay sonra 4 Aralık 1933’te bir yangın felaketine uğrayıp ahşap kısmı tamamen yanmış ve bu yangında hiçbir evrak kurtarılamamıştır. Taş Mektep yetersiz geldiğinden 1960 yılında yeni bir binaya ihtiyaç duyulmuş yine devlet-millet işbirliği ile 16 Mart 1964 tarihinde yeni bina açılmıştır. İmkânsızlıklar yüzünden beş yılda tamir edilen okulda 1937-1938 yılında yeniden eğitime başlanmıştır. Okul binası zamanla yetersiz kalınca, 1960 yılında ortaokul sınıfları belediye binasında öğrenim görmüştür. Bunun üzerine Kütahya Eğitim Kurumları Yaptırma Derneği’nin gayretleri ve Kütahya Valisi’nin çalışmaları sonucunda tamamlanan yeni bina “Taş Mektep”e bağlanmış, bundan sonraki süreçte Taş Mektep, Ticaret Lisesi, Akşam Ortaokulu, Akşam Ticaret Lisesi olarak hizmet vermiştir. 1937-1938 öğretim yılına kadar eğitim ve öğretime, Özel İdare Pansiyonu ’nda ve Gazi Kemal İlkokulu’nda devam edilmiştir.

1993-1994 öğretim yılında ortaokul kısmı kaldırılmış, 1993-1994 yılında başlayan yabancı dil ağırlıklı lise uygulaması 2007-2008 yılında son mezunlarını vermiştir. Okul günümüzde “Taş Mektep” denilen eski bina ile birlikte 1964 yılında hizmete açılan “Yeni Bina” olarak adlandırılan binada Anadolu lisesi olarak eğitim ve öğretimini sürdürmektedir.

Asırlık bir çınar olan Kütahya Lisesinde 37 derslik bulunmaktadır. Ayrıca 1’er adet kimya-biyoloji, fizik, bilgisayar laboratuvarı, 1 spor salonu, 1 kütüphane, 1 rehberlik odası, 1 çok amaçlı salon ve konferans salonu mevcuttur.

Osmanlıdan, Cumhuriyete bölgenin ve ülkenin en saygın eğitim kurumlarından olan Kütahya Lisesi, sadece il genelinde değil, tüm bölgeye ve ülkeye ışık saçmış önemli irfan yuvalarımızdandır.