Okul, 1892 yılında, Mutasarrıf Ziver Paşa zamanında Maarif idaresinin ve halkın yardımı ile yaptırılıp açılmıştır. Üçü rüştiye (ortaokul), ikisi idâdî (lise) olmak üzere beş sınıflı bir okul olarak “Kale-i Sultani Mekteb-i İdâdîsi” adıyla eğitim ve öğretime başlayan okulun 1900’lü yıllardaki müdürü, İsmail Hakkı Efendi’dir. Türk edebiyatının büyük kalemlerinden Reşat Nuri Güntekin de bu yıllarda bir buçuk yıl kadar bu okulda öğrenci olarak öğrenim görmüştür.
1913 yılında “Çanakkale Sultanisi” (lise) adıyla anılan okula Millî Edebiyat Akımı temsilcilerinden Ali Canip Yöntem o yıllarda edebiyat ve felsefe öğretmeni olarak atanmıştır.
12.09.1949 tarihinden itibaren ortaokulu da bünyesine alarak “Çanakkale Lisesi” adını alan okul, bu devirde üç yıllık ortaokul, üç yıllık lise olarak hizmet vermiştir. Lise, daha sonra dört yıla çıkarılmış ve Bakalorya sınavları yapılmıştır. Okulun halk arasındaki yaygın adı olan “Taş Mektep” günümüze kadar gelmiştir. 1924 ile 1949 yılları arasındaki zaman dilimi içinde kentin tek ortaokulu olarak Çanakkale gençliğinin yetişmesinde önemli bir misyon üstlenmiştir.
Eski lise binası, 1957 yılına kadar “lise”, 1958-1971 yılları arasında “Öğretmen Okulu”, 1971-1998 yıllarda arasında “Mehmet Akif Ersoy Ticaret Lisesi” olarak eğitim işlevini sürdürmüş, 2000 yılının başlangıcında geçirdiği restorasyonla “Öğretmenevi Oteli” olarak hizmet vermeye başlamıştır.
1957-1958 eğitim ve öğretim yılında Cumhuriyet Meydanı’ndaki bugünkü fen lisesi binasına taşınan okul, 13.09.1982 tarihine kadar eğitimine iki katlı binada eğitim faaliyetlerine devam etmiştir.
1982-1983 eğitim ve öğretim yılında halen faaliyetlerini sürdüğü İsmetpaşa Mahallesi’ndeki 4 katlı, 32 derslikli yeni binasına taşınmıştır. Okulun bünyesinde bulunan pansiyon binasında 4 ana bölüm ve 24 odası bulunmaktadır.
1994-1995 eğitim ve öğretim yılından itibaren okul bünyesinde Çanakkale Yabancı Dil Ağırlıklı Lisesi de hizmete girmiştir. Son mezunlarını ise 2007-2008 eğitim ve öğretim yılında vermiştir.
22 Mart 2010 tarihinden itibaren Anadolu lisesine dönüştürülen okul, daha büyük başarılara ulaşmak adına eğitim ve öğretime devam etmektedir. Köklü bir okul olmanın farklılığını yaşayan ve yaşatan Çanakkale Lisesi, geleceğe güvenle bakabilen kendisiyle ve toplumla bütünleşik bireyler yetiştirmektedir.
