Aydın Lisesi, ilk kez 1927-1928 eğitim ve öğretim yılı başında Vilayet Özel Bütçesiyle “İkbal Okulu” adı altında ortaokul olarak açılmıştır. Okul açıldığı ilk yılda 25 kız, 35 erkek olmak üzere toplam 60 öğrenci ile eğitim kurumları arasındaki yerini almıştır.

Ortaokul binasının yapımı 1928 yılının Eylül ayında tamamlanmıştır. Bugün “Eski Bina” ya da “Ana Bina” olarak bilinen ve hâlen eğitim ve öğretim hizmeti veren binanın üzerinde Osmanlı Türkçesi ile “Aydın Cumhuriyet Mektebi” yazmaktadır.

Okulun kuruluşundan itibaren öğretim kadrosu ve hizmet binaları, ihtiyaçları karşılayacak şekilde genişlemiş ve gelişmiştir. Ortaokul, 1929-1930 öğretim yılı başında yatılı ortaokul olarak Millî Eğitim Bakanlığı bütçesine alınmıştır. Aynı yıl içinde, bugün kütüphane, arşiv, resim salonu ve müzik salonunun bulunduğu bina hizmete açılmıştır. 1933-1934 öğretim yılında yaptırılan pansiyon binası 1934-1935 yılında öğrencinin kullanımına sunulmuştur.

1948 yılında Aydın Ortaokulu lise olmuş ve “Aydın Lisesi” adını almıştır. Böylece okulun bünyesinde ortaokul ve lise uzun yıllar birlikte yaşamıştır. Lise olarak ilk mezununu 1951 yılında veren okulun mevcut binalarına1954 yılında iki katlı yeni bina, şu andaki ismiyle “B Blok” eklenmiştir. Daha sonra yaptırılan yeni öğrenci yurdu öğretmenevi yapılmak üzere kapatılmıştır. Bu bina halen öğretmenevi olarak hizmet vermektedir.

Öğrenci sayısındaki artışa bağlı olarak, 1992 yılında şimdiki 5 katlı “A Blok” inşa ettirilmiş ve 2002 yılında kapalı spor salonu hizmete açılmıştır.

27 dönümlük okul bahçesi ile Aydın Lisesi lojmanı bugün sağlık ocağı olarak hizmet vermektedir.

Okul, 2008-2009 eğitim ve öğretim yılından itibaren Anadolu lisesi statüsünde eğitim vermeye başlamıştır.

Öğrencilerinin; bireysel yeteneklerini dikkate alarak öğrenmelerini, bilgili, becerili, özgüvenli olmalarını, problemlerin çözümünde bilimsel yöntemin kullanılma gerekliliğini kavramalarını, bilgi toplumunun gereksinimi olarak araştırmacılar olarak yetişmelerini, çevresi ile iyi ve olumlu iletişim kuracak davranışları kazanmalarını, olaylara çok yönlü ve tarafsız bakabilmelerini, çağın gelişen ihtiyaçlarına cevap verebilecek beceriler kazanmalarını, liderlik özelliklerinin yanı sıra iş birliği ve ekip çalışmalarına yatkın bireyler olmalarını sağlamak üzere tüm çalışmalarını yürüten okul, yıllar içerisinde sayısız başarılı mezunlar yetiştirmiştir.