Fatih Kız Lisesi, Fatih Erkek Ortaokulu adı ile 1936-1937 eğitim ve öğretim yılı başında Fatih Çarşamba semtindeki Beyceğiz Caddesi üzerinde yer alan Sultan Abdülhamit’in ders vekillerinden Asım Efendi’ye ait 170 odalı ahşap konakta öğretime başlamıştır.

1939-1940 eğitim ve öğretim yılı başında, erkek öğrencilerini eski Karagümrük Ortaokuluna, bugünkü adıyla Ahmet Rasim Ortaokuluna devretmiştir. Daha sonra kız öğrenci almaya başlayan okulun adı Fatih Kız Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.

1949-1950 eğitim ve öğretim yılında kapatılan Cumhuriyet Kız Lisesinin ortaokul öğrencilerini bünyesine alan Fatih Kız Ortaokulu, 1949-1950 öğretim yılından itibaren daha da artan öğrenci sayısı ile hizmet vermeye devam etmiştir.

1951-1952 öğretim yılında hızlı öğrenci artışından dolayı konak yetersiz kalınca Fatih Kız Ortaokulu, Ahmet Rasim Ortaokulu binasına taşınarak ikili öğretime başlamıştır. Müdürler komisyonunun 17.09.1957 tarih ve 405-339 sayılı kararı ile 1957-1958 eğitim ve öğretim yılından itibaren lise olan Fatih Kız Ortaokulu, 1959-1960 öğretim yılında Fatih Kız Lisesi adıyla bugünkü yeni binasına taşınmıştır.

Daruşşafaka Caddesi’ndeki Fatih Kız Lisesi, ilk lise mezunlarını 1960-1961 öğretim yılı sonunda vermiştir.

İnsana, insan olduğu için saygı duyan, aldığı eğitimle toplumun bugün ve gelecekte ihtiyacı olan bireylerini kişilik değerleriyle dolu, teknolojik gelişmelere açık, çağın teknolojisini öğrenip uygulayan, çağdaş medeniyet seviyesinin üzerine çıkmaya azimli ve kararlı öğrenciler yetiştiren okul, günümüzde Fatih Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi olarak kız öğrencilerimize hizmet vermeye devam etmektedir